Czy zmienna odpowiedzi zależy od dwóch czynników. Czynniki te nazwiemy A i B.
Interakcja to łączne oddziaływanie czynników na zmienną odpowiedzi. Jeśli średnia wartość zmiany odpowiedzi spowodowana zmianą jednego czynnika zależy od wartości drugiego czynnika, to wówczas są one w interakcji.
Dla dwuczynnikowej anovy wyprowadzamy model z interakcjami:
gdzie,
Y - wartość zmiennej odpowiedzi dla m-tej obserwacji w grupie, w której czynnik A jest na i-tym poziomie a czynnik B na j-tym poziomie
- wartość średnia zmiennej odpowiedzi w grupie, w której czynnik A jest na i-tym poziomie a czynnik B na j-tym poziomie,
alfa - efekt czynnka a
beta - efekt czynnika B
gamma - interakcja miedzy i-tym poziomem czynnika A i j-tym poziomem czynnika B
epsilon - blad losowy
W obu modelach (z interakcjami i bez) zakładamy, że w każdej grupie (tzn. dla każdej z kl możliwych kombinacji poziomów czynników A i B) rozkład zmiennej odpowiedzi jest normalny z taką samą wariancją.
Założenie to implikuje, że epsilon ma rozkład normalny z jakąś wariancją i wartością oczekiwaną równą zero.
Ponadto aby wartości były określone jednoznacznie, to trzeba coś o nich założyć.
Testowanie hipotez
- Sprawdzamy czy A i B są w interakcji
dla każdego ij
istnieje takie ij, że gamma nie jest równa zero (jest interakcja)
Jeśli hipoteza zerowa przyjęta, to można potem osobno sprawdzać czy czynniki A i B mają wpływ na zmienną odpowiedzi. Jeśli natomiast zachodzi interakcja, to sens będzie miało badanie wpływów A i B tylko na niektórych poziomach czynników.
Konstrukcja statystyk testowych
Potem tworzy się statystykę testową
teraz znowu to będzia miało rozkład F-snedecora o stopniach swobody (k-1)(l-1) i kl(n-1)
Jeśli na poziomie istotności 1- większe od kwantyla, to wtedy odrzucamy. Mniejsze to przyjmujemy.
Eksperyment czynnikowy bez replikacji
Jeśli n = 1, czyli mamy tylko po jednej obserwacji w każdej grupie, to nie jesteśmy w stanie przeprowadzić testów w modelu z interakcjami, bo w mianowniku statystyk testowych pojawia się kl(n-1), czyli 0.
Można wtedy:
- Narysować wykresy średnich. Jeśli łamane średnich okażą się w przybliżeniu równoległe, to będzie można uznać że nie ma interakcji między czynnikami A i B i używać modelu bez interakcji



